南瀛海洋保育教育中心的基地設置位於成功大學安南校區內的海洋生物及鯨豚研究中心建物內部，一間主體展覽館以及一間多媒體播映室，同時，將結合鯨豚中心建物內之收藏功能的標本典藏室、鯨豚標本處理及製作的解剖房空間，將展示的層面，在靜態、動態及實務做鋪陳，展示意象從科學入門到進階，做多面向的教育展示，期望參觀者可以有全然不同的知識及實務學習的機會，將海洋生物保育中的鯨豚保育，落實到學校及社會的參與者。

「活體救援」鯨豚教育展示的部分，主要以歷年來任務之紀錄，分別以靜態的相片、文字或動態的影片紀錄為主體，進行展示，並在適時的人員配合解說下，將活體救援進行靜態及動態教育解說展示。

「死亡擱淺」鯨豚任務處理的部分，除了與活體救援教育展示相同的靜態及動態展示媒介之外，也將配合成大鯨豚中心的部分主體-解剖房和標本典藏室等空間，做整體性的串聯，期讓參與的學生及民眾，可以親身體會到任務的臨場感與實務性工作的結合，這個部分，將是全臺灣所屬的教育展示場域中，最為特殊的一個展示中心。